Артриты при других коллагенозах (системная красная волчанка, узелковый периартериит и др.) отличаются от инфектартрита меньшей выраженностью и меньшей стойкостью суставных проявлений и в большинстве случаев полной их обратимостью, хотя в некоторых случаях наличие сходных общих проявлений (особенно при «септической» форме ревматоидного артрита), с одной стороны, а также возможность наличия при системной красной волчанке небольших деструктивных изменений суставов (сужение суставной щели, единичные узуры кости), с другой, затрудняют дифференциальный диагноз.
В некоторых случаях инфектартрит приходится дифференцировать с так называемыми синдромными заболеваниями суставов.