Дизентерийный артрит возникает чаще всего в период выздоровления от дизентерии, что и облегчает дифференциальную диагностику, так как клиническая картина в его острой и подострой стадиях чрезвычайно напоминает ревматоидный артрит. Если происхождение артрита установить трудно (дизентерия протекала в стертой форме), то возникают трудности в отграничении его от инфектартрита. В этих случаях помогают эпидемиологический анамнез, данные ректороманоскопии и копрологического исследования, более доброкачественное, чем при инфектартрите, течение (редкое образование деформаций, контрактур, анкилозов и более частые случаи выздоровления), отрицательная реакция на ревматоидный фактор, хороший эффект от применения антибиотиков.